Reprezentacyjne komnaty królewskie. Główna ekspozycja wnętrz zamkowych obejmuje kilka pomieszczeń parteru, a przede wszystkim reprezentacyjne sale na II piętrze pałacu. W trzech komnatach na parterze, stanowiących apartament wielkorządców krakowskich, zachowały się renesansowe drewniane stropy. Kamienne portale zostały w części zrekonstruowane w okresie międzywojennym; oryginalne, renesansowe, obramienia drzwiowe zdobią zaś sień w klatce schodowej Poselskiej, łączącej parter z prywatnymi apartamentami królewskimi na I piętrze i salami II piętra. II piętro pałacu w skrzydle wschodnim i północnym mieści reprezentacyjne sale. Pierwotne stropy zostały zniszczone w czasie pożaru zamku w roku 1702 i w okresie okupacji austriackiej, na początku XIX wieku.

 W  trzech salach, na południe od schodów Poselskich, zachowały się duże partie renesansowych fryzów ściennych (uzupełnione przed II wojną światową), a strop wielkiej sali zwanej Poselską zadziwia 30 rzeźbionymi głowami ludzkimi. Najcenniejszym elementem ekspozycji renesansowych komnat, jedynym zachowanym z ich pierwotnego wystroju, są arrasy, utkane w Brukseli na zamówienie Zygmunta Augusta w 3. ćwierci w. XVI, o tematyce biblijnej, bądź z ornamentem groteskowym oraz z herbami Polski i Litwy. Są tu również dużej wartości artystycznej obrazy i meble włoskie, głównie toskańskie, z w. XVI oraz portrety polskich monarchów. Wnętrza w skrzydle północnym, po pożarze w roku 1595, zostały odnowione na zlecenie Zygmunta III Wazy przez architekta Jana Trevano i malarza Tomasza Dolabellę. Ognia uniknęła sala Senatorska, największa w zamku, w całości obecnie obwieszona arrasami. W pozostałych wnętrzach zachowały się marmurowe portale i okazały kominek w stylu wczesnego baroku rzymskiego, a także stiuki sklepienne, m.in. w kaplicy królewskiej. Pseudobarokowe stropy, z okresu międzywojennego, są wypełnione plafonami znanych i cenionych ówczesnych polskich malarzy – kolorystów, ściany zaś pokrywają kurdybany z w. XVIII, pochodzące z zamku króla Augusta III w Moritzburgu koło Drezna. W wieży, zw. Zygmunta III, znajduje się tzw. Gabinet holenderski, z obrazami szkół niderlandzkich. W wyposażeniu tej części zamku dominują portrety polskich królów i członków ich rodzin oraz polskie obrazy historyczne.

Ekspozycja na parterze w północno-wschodnim narożniku zamku ideowo nawiązuje do mieszczącej się tu niegdyś historycznej instytucji – Skarbca Koronnego, widomego znaku suwerenności Królestwa Polskiego, a następnie Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Od w. XIV w Skarbcu przechowywano insygnia władzy królewskiej (korony, berła, jabłka, miecz zw. Szczerbcem, ewangeliarz i tacę, służące w obrzędzie sakry królewskiej), a także rozmaite precjoza i osobliwości, składające się na oficjalny majątek państwa. Równolegle w zamku istniał prywatny skarbiec monarchy, złożony z osobistych insygniów, kosztowności oraz paradnych naczyń. Zasoby Skarbca Koronnego, pomnażane przez dary dyplomatyczne i zapisy monarchów, w tym ogromny legat testamentowy Zygmunta Augusta, nie były ogólnodostępne. 

Pojedyncze precjoza wyjmowano zeń jedynie przy wyjątkowych okazjach, przede wszystkim na koronacje królewskie. Systematycznie spisywano zawartość Skarbca podczas tzw. lustracji. Pierwszy specjalny publiczny pokaz insygniów odbył się dopiero w r. 1792. Trzy lata później Prusacy włamali się do pomieszczeń Skarbca, rabując prawie doszczętnie jego zawartość. Po zniszczeniu insygniów koronacyjnych przez Prusaków i zatraceniu niemal wszystkich skarbcowych precjozów, obecna ekspozycja może jedynie nawiązywać do dawnej świetności tego miejsca. Od r. 1930 systematycznie wzbogacana, gromadzi bardzo znaczące dzieła sztuki i pamiątki historyczne, w tym kilka pozostałości z dawnego zasobu Skarbca Koronnego, na czele ze Szczerbcem – najważniejszą polską pamiątką historyczną.

Zbrojownia. Ekspozycja rozmieszczona jest w trzech piwnicach: gotyckiej z w. XIV (ze sklepieniem wspartym na centralnym filarze) oraz dwóch renesansowych z 1. połowy w. XVI. Przy ścianach pomieszczono lufy armat, haubic i moździerzy – od małych wiwatówek do ogromnych polowych. Znakomitym poziomem artystycznym wyróżnia się para armat z połowy w. XVI, odlanych przez pracującego dla Zygmunta Augusta norymberskiego ludwisarza Oswalda Baldnera. Zespół dział z herbami polskich królów, hetmanów i możnowładców, dzieł wybitnych odlewników, liczy się do najcenniejszych w skali krajowej i znaczących w skali europejskiej. Do tradycji składania na Wawelu trofeów zdobytych na wrogach nawiązują zawieszone pod sklepieniem pierwszej piwnicy chorągwie krzyżackie spod Grunwaldu (1410), odtworzone w w. XX na podstawie szczegółowych opisów pióra Jana Długosza i miniatur Stanisława Durinka w dziele Banderia Prutenorum.

Smocza Jama – jaskinia w zachodnim zboczu wawelskiego wzgórza, owiana legendą, jest niewątpliwie jedną z większych jego osobliwości. Najstarszą wersję legendy o smoku wawelskim, związaną z mitycznym początkiem Krakowa, znajdujemy w Kronice Mistrza Wincentego zwanego Kadłubkiem, z przełomu XII i XIII wieku: Zwiedzanie Smoczej Jamy rozpoczyna się z terenu wzgórza opodal baszty Złodziejskiej. W ceglanej wieżyczce (dawnej studni austriackiej), znajduje się klatka schodowa. Długość pieczary wynosi 270 m, a dostępna trasa do zwiedzania to 81 m. Pierwsza, najwyżej położona północna komora „ A”, jeszcze w XIX wieku była zalana wodą, którą czerpano dla potrzeb mieszkańców wzgórza. Z niej krótkie przewężenie prowadzi do głównej, środkowej, największej komory „ B”, o długości 25 m, wysokiej miejscami do 10 m. Układ skał dzieli wnętrze na dwie części o malowniczych zakątkach. W najwyższej partii komora jest nakryta ceglaną kopułą z roku 1830. Zamyka on otwór w stropie, którym do jaskini w r. 1829 dostał się historyk Ambroży Grabowski i pierwszy opisał jej wygląd. Dzięki staraniom Grabowskiego Smoczą Jamę udostępniono do zwiedzania  w latach 1843–1846. Z komory tej odchodzi (niedostępny dla turystów) ciąg ciasnych i błotnistych korytarzy (długości 160 m) z pięcioma jeziorkami zamieszkałymi przez rzadkiego skorupiaka – studniczka tatrzańskiego.

Pierwszy kościół katedralny na Wawelu wzniesiony został najpewniej niedługo po ustanowieniu w l000 roku biskupstwa krakowskiego. Katedra krakowska stanowiła centrum czci kanonizowanego w 1253 roku św. Stanisława, biskupa krakowskiego zamordowanego w 1079 roku. Do jego grobu przybywali pielgrzymi zarówno z Polski, jak i krajów ościennych. Kult tego świętego łączony był z ideą zjednoczenia rozbitego na dzielnice Królestwa Polskiego, dlatego też nie może dziwić fakt, że wbrew wcześniejszej tradycji koronowania królów w archikatedrze gnieźnieńskiej, koronacja Władysława Łokietka odbyła się 20 stycznia 1320 roku w katedrze krakowskiej, w pobliżu relikwii patrona odrodzonej polskiej monarchii. Odtąd wawelska świątynia stała się miejscem koronacji władców Polski. W kolejnych dwóch stuleciach Katedra na Wawelu zmieniła zasadniczo swój wystrój. W XVII wieku dzięki hojnym fundacjom królów, biskupów, magnatów i kanoników, usunięto niemal całkowicie wyposażenie z wcześniejszych epok i wprowadzono nowe ołtarze, nagrobki, stalle, obrazy. Materiałem charakterystycznym dla nowej epoki stał się czarny i różowy marmur. W XIX wieku Katedra stała się celem pielgrzymek patriotycznych i miejscem okazałych uroczystości z okazji rocznic ważnych wydarzeń z dziejów Polski. Wyjątkowe znaczenie miało pochowanie w podziemiach katedralnych bohaterów narodowych walczących mężnie o wolność Ojczyzny: Tadeusza Kościuszki i księcia Józefa Poniatowskiego, a także duchowego przywódcy Narodu - Adama Mickiewicza. Pochówki te uczyniły Katedrę polskim Panteonem, w którym miejsce wiecznego spoczynku znajdują tylko najbardziej zasłużeni Polacy. Tradycja ta znalazła kontynuację w XX wieku, kiedy w podziemiach Katedry złożono szczątki Juliusza Słowackiego, Józefa Piłsudskiego i Władysława Sikorskiego. Katedra na Wawelu zajmuje wyjątkową pozycję w dziejach Polski i w świadomości Narodu Polskiego. Jest od stuleci miejscem kultu św. Stanisława, który w nierozerwalny sposób wiąże się z ideą zjednoczonego i niepodległego Państwa Polskiego, aktualną zarówno w dobie rozbicia dzielnicowego, w okresie zaborów i w czasie rządów komunistycznych. Grób tego męczennika pełni od stuleci funkcję Ołtarza Ojczyzny. Dzwon Zygmunt – najsłynniejszy polski dzwon, znajduje się na Wieży Zygmuntowskiej w północnej części katedry wawelskiej. Ufundowany przez Zygmunta I Starego, nazwany jego imieniem. Dzwon wykonał w krakowskiej ludwisarni ludwisarz Hans Beham z Norymbergi w 1520 roku. 

Na wieży umieszczono go 9 lipca 1521 roku. 13 lipca 1521 Kraków po raz pierwszy usłyszał jego głos. Dzwon Zygmunt był największym polskim dzwonem (klosz - 9650 kg, serce 365 kg), aż do roku 1999, kiedy to przewyższył go masą i rozmiarem licheński dzwon Maryja Bogurodzica.

Wystawa Wawel Zaginiony w obecnym kształcie została udostępniona zwiedzającym w r. 1975. Kontynuuje ona tradycje dwóch poprzednich wystaw poświęconych historii wzgórza wawelskiego, zorganizowanych w pobliżu reliktów rotundy śś. Feliksa i Adaukta (Najświętszej Marii Panny), wzniesionej na przełomie w. X i XI. Sale wystawowe obejmują m. in. budynek dawnych kuchni królewskich i wozowni. Wyjątkowy charakter wystawy polega na połączeniu różnych typów ekspozycji muzealnej. W obrębie rezerwatu archeologiczno-architektonicznego, poza zabytkami architektury z różnych okresów zabudowy wzgórza, są eksponowane w sposób tradycyjny obiekty pochodzące z badań archeologicznych oraz modele budowli. 

W jednej z sal można podziwiać bogatą kolekcję renesansowych kafli. Historię wzgórza wawelskiego w okresie średniowiecza przybliża prezentacja multimedialna. Wawelskie lapidarium to zbiór kamiennych rzeźb i detali architektonicznych pozyskanych w trakcie prac konserwatorskich, oraz badań archeologicznych prowadzonych na terenie wzgórza niemal od stulecia. W części wystawy, poświęconej kamiennej dekoracji budowli, jest eksponowany wybór najcenniejszych wawelskich obiektów. Są one prezentowane nie tylko jako elementy wystroju architektonicznego, ale mają za zadanie również ilustrować losy związane z przekształceniem historycznych budowli Wawelu. W kolejnych salach zgrupowano: detale architektoniczne związane z dziedzińcem arkadowym – fragmenty kamieniarki pochodzące z wystroju pałacu królewskiego oraz detale odnalezione w czasie prac archeologicznych na dolnym tarasie ogrodów królewskich, a także zabytki związane z katedrą wawelską. Dużą atrakcją lapidarium jest ekspozycja gipsowych odlewów dekoracji Kaplicy Zygmuntowskiej.